El monestir benedictí de Sant Daniel està situat en un indret privilegiat de Girona; a un passeig del centre de la ciutat es troba a la Vall de Sant Daniel, la conca natural del riu Galligants que s'hi forma per l'abundància de rieres i torrents que hi discorren: la riera del Polvorí, la de can Llinàs i el torrent de Santa Margarida.
Tot i que algunes restes arqueològiques trobades al monestir, com una ara romana i alguna altra resta de la mateixa època que s'hi conserva fan pensar que aquesta església va ser bastida sobre un antic temple pagà, l'arxiu del monestir conserva dos pergamins que testifiquen amb detall la fundació al segle XI.
L'un, datat el 18 de juny del 1015, és l'escriptura de venda que de l'església i les terres que li pertanyien va fer-ne el bisbe de Girona Pere Roger, germà de la comtessa Ermessenda, i els seus canonges, a aquesta i al seu marit, Ramon Borrell (1).
En un altre, que data del 15 de març del 1018, la comtessa Ermessenda, aleshores ja vídua del comte Ramon Borrell (972-1017), fa donació de tots els alous que posseïa arreu del comtat de Girona, per compra personal o per donació del seu difunt marit, i que el document detalla minuciosament, a la comunitat que viu a la casa i capella de Sant Daniel. Signa també la donació el seu fill Berenguer Ramon I. Si bé aquesta escriptura demostra l'existència del monestir amb una comunitat ja consolidada, es considera l'acta oficial de fundació.
Signatura del bisbe Pere Roger de Girona al pergamí de donació dels alous, de 15 de març de 1018
Entre aquestes dues dates es produeix la fundació específica del monestir i l’inici de la vida monàstica d’una comunitat de monges de les quals se’n desconeix la procedència, però sí es testimonia l'existència a Sant Daniel d'una casa o cenobi dedicada al sant; des d'aleshores, com diu Josep Maria Marquès a Col·lecció diplomàtica de Sant Daniel de Girona (924-1300), "la comunitat del monestir de Sant Daniel és excepcional; ha mantingut la continuïtat des de la fundació, sense cap mena de ruptura, en el mateix lloc que nasqué".
El nom que encapçala l'abaciologi de Sant Daniel és Bonafilla, abadessa l'any 1028, deu anys després de la fundació.
Alguns historiadors apunten que la comtessa Mafalda de Pulla Calàbria (1060 - Girona 1108), esposa del comte Ramon Berenguer II, el Cap d'Estopes, quan retornà a Catalunya vídua del seu segon espòs, el vescomte Eimeric de Narbona, va residir al monestir, el va dotar ricament, hi morí, i l'església actual és fruit de la seva generositat. L'argumentació és versemblant, però manquen documents que la confirmin.
El 1342 la comunitat era de 20 monges. En el segle XV la Santa Seu va annexar el monestir de Sant Daniel als priorats benedictins de Santa Maria del Mar de Calonge (1424), a Santa Margarida del Prat de Roses (1447) i al segle XVI el priorat cistercenc de Valldemira (1550), prop d'Hostalric, a La Selva, comunitats que es trobaven a punt d'extingir-se, en bona part per les conseqüències de la pesta negra del segle XIV i pel perill constant de pirates i lladres, habituals a l'època.
Poc temps després de l'annexió s'hi acabà la vida monàstica, però Sant Daniel en posseí els béns i en conservà els edificis fins que foren confiscats pel decret de desamortització de Mendizábal del 1835.
Durant els mil anys d'existència, la comunitat s'ha vist obligada a deixar el monestir diverses vegades, sempre, però, de manera provisional i en temps de guerres per raó de la seva ubicació extramurs de la ciutat de Girona. Així, durant la Guerra dels Segadors (1640), les monges passaren uns dies a les cases de l'Ardiaconat de l'Empordà, prop de la catedral.
Durant la Guerra Gran (1793-1795), totes les comunitats de la ciutat l'hagueren de deixar per ordre del bisbe el 30 de novembre de 1794: Figueres havia caigut en poder dels francesos i avançaven cap a Girona. La comunitat va haver de residir gairebé un any al monestir de benedictines de Sant Anton i Santa Clara de Barcelona. Durant la seva absència, el monestir serví de caserna. L'octubre de 1795, les monges van retornar a Sant Daniel i van trobar l'edifici destruït en part per un incendi.
A la Guerra del Francès (1808-1814), la comunitat va haver de refugiar-se de nou a Girona en llars de familiars i amics. L'edifici va ser utilitzat primer com a caserna i després com a hospital de sang. Un altre incendi el va destruir gairebé del tot; només restaren en peu l'església i el claustre. Quan la guerra va acabar, la vida comunitària es va haver de reprendre en una casa de lloguer del carrer de la Força de Girona, que fou monestir interí de Sant Daniel fins a l'octubre de 1819, quan les monges pogueren retorna-hi després d'haver-ne reedificat una mínima part amb gran penúria econòmica.
La Guerra Civil (1936-1939) també va afectar considerablement la vida del monestir. L'edifici va ser utilitzat part per escola, amb el nom de Grup Escolar Pi i Margall, i part per habitatge de refugiats de guerra i, al final de la contesa, va quedar en poder de l'estament militar fins al novembre de 1940, que fou retornat a la comunitat. Les monges, però, havien reprès de nou la vida monàstica en una casa propera al monestir el mateix 1939, poc després d'haver-se acabat la lluita a Girona.
El monestir de Sant Daniel. Mil anys de vida a la Vall. Anna Gironella, Josep M. Oliveras. Ajuntament de Girona - Abertis, 2010. ISBN 978-84-8496-160-4
La Vall de Sant Daniel. N. Iglesias, S. Cargol. Quaderns de la Revista de Girona. Diputació de Girona, 2010. ISBN 978-84-96747-51-7
Col·lecció diplomàtica de Sant Daniel de Girona, 924-1300. Josep M. Marquès. Barcelona Fundació Noguera, 1997. ISBN 84-7935-400-3
El claustre romànic del monestir, amb el pou en primer terme
Detall d'un capitell del claustre romànic. És un dels pocs exemplars amb representació antropomòrfica.
Escala del claustre romànic al claustre gòtic, a la planta superior
Detall d'un capitell del claustre romànic amb geomètrica i vegetal.
El claustre romànic del monestir, amb el pou al centre
Fotografies preses per gentilesa de la Comunitat Benedictina de Sant Daniel